La macchia mediterranea di Panarea presenta fico d'India (Opuntia ficus indica), lentisco (Pistacia lentiscus), ginestra (Spartium junceum), cappero (Capparis spinosa) e piante di olivo (Olea europaea) secolari, resti dell'antica vocazione agricola dell'isola (scomparsi i vigneti che esistevano fino agli anni settanta). La vegetazione originaria è poi contaminata da molte specie vegetali esogene, arrivate con il boom edilizio e turistico.
Per quanto riguarda la fauna è presente il falco della regina (Falco eleonorae), il corvo (Corvus corax), qualche marangone (Phalacrocorax carbo) e il gabbiano reale mediterraneo (Larus michahellis) che nidificano sulle inaccessibili pareti delle coste occidentali. Caratterizza la fauna isolana il geco (Tarentola mauritanica), innocuo e utilissimo predatore di insetti.
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